實時熒光定量PCR儀，由熒光定量系統和計算機組成，用來監測循環過程的熒光。與實時設備相連的計算機收集熒光數據。數據通過開發的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數據被繪制成熒光強度相對于循環數的圖表。原始數據收集后可以開始分析。實時設備的軟件能使收集到的數據進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設定域值水平，這就是分析熒光數據的水平。
醫療應用
⑴ 病原體檢測
目前，采用定量PCR檢測技術可以對淋球菌、沙眼衣原體、解脲支原體、人類乳頭瘤病毒、單純皰疹病毒、人類免疫缺陷病毒、肝炎病毒、流感病毒、結核分枝桿菌、EB病毒和巨細胞病毒等病原體進行定量測定。與傳統的檢測方法相比具有靈敏度高、取樣少、快速簡便等優點。
如：結核菌基因診斷的意義主要表現在：
a.區分TB與其它分枝桿菌；
b.檢測TB耐藥基因；
c.提高TB的陽性檢出率。
⑵ 產前診斷
到目前為止，人們對遺傳性物質改變引起的遺傳性疾病還無法治療，只能通過產前監測，減少病嬰出生，以防止各類遺傳性疾病的發生，如為減少X連鎖遺傳病患兒的出生，從孕婦的外周血中分離胎兒DNA，用實時熒光定量PCR儀檢測其Y性別決定區基因是一種無創傷性的方法，易為孕婦所接受。
⑶ 藥物療效考核
對乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV) 定量分析顯示：病毒量與某些藥物的療效關系。HCV高水平表達，干擾素治療作用不敏感，而HCV低滴度，干擾素作用敏感；在拉米夫定治療過程中，HBV-DNA的血清含量曾有下降，隨后若再度上升或超出以前水平，則提示病毒發生變異。如PCR技術在HBV檢測中的應用及意義：
a.了解乙肝病毒在體內存在的數量。
b.是否復制。
c.是否傳染，傳染性有多強。
d.是否有必要服藥。
e.肝功能異常改變是否由病毒引起。
f.判斷病人是適合用哪類抗物。
g.判斷藥物治療的療效。
⑷ 腫瘤基因檢測